Разработка и внедрение СМК в ГП «Кыргызаэронавигация» было начато в 2011 г. с деятельности по предоставлению метеорологического обслуживания международной аэронавигации. В апреле 2014 г. предприятие успешно прошло сертификацию на соответствие СМК в этой области требованиям международного стандарта ISO 9001:2008.
Успешно был пройден сертификационный аудит на соответствие СМК в области предоставления аэронавигационной информации в июне 2017 г. требованиям международного стандарта ISO 9001:2015.
В мае 2018 года успешна прошла сертификация деятельности по предоставлению метеорологического обслуживания международной аэронавигации, а также предоставление аэронавигационной информации по МС ISO 9001:2015. (см. Сертификаты).